Es stellt sich heraus, dass ein Active Directory-Gruppenrichtlinienobjekt (GPO) für das Problem verantwortlich war.
In der Richtlinie ist es unter:
Computer Configuration Administrative Templates Windows Components Internet Explorer
und heißt
Make proxy settings per-machine (rather than per-user)
Wenn diese Einstellung aktiviert ist, kann Fiddler (Fiddler2) die Proxy-Einstellungen auf dem lokalen Computer beim Start nicht anpassen.
Nachdem Sie diese Änderung auf dem Server vorgenommen haben, erhalten alle Benutzer die neue Einstellung. Führen Sie den folgenden Befehl auf einem beliebigen Computer aus, um die neue Einstellung sofort abzurufen:
gpupdate /target:Computer /wait:0