Das klingt für mich definitiv nach einer Beschädigung des Dateisystems, obwohl es möglicherweise nicht durch einen physischen Defekt auf dem Laufwerk verursacht wurde. Ungeplante Stillstände sind die häufigste Ursache, und die Auswirkungen zeigen sich nicht immer sofort, da das Problem an einem Ort liegen könnte, an dem sich das System im täglichen Betrieb nicht berührt. Während das NTFS-Dateisystem relativ sicher vor dieser Art von Dingen ist (Metadaten des Dateisystems von Journalen, wie dies bei ext3 standardmäßig unter Linux der Fall ist, so dass einige Beschädigungen durch ungeplante Ereignisse repariert werden können), kommt es dennoch manchmal vor.
Also würde ich das Laufwerk gründlicher testen, bevor ich es einsteige. Ich empfehle, eine Software zu installieren, die die SMART-Parameter des Laufwerks lesen und überwachen kann (wenn das Laufwerk ein physisches Problem hat, werden diese wahrscheinlich darauf hinweisen) und die eigenen Selbsttestroutinen des Laufwerks können initiiert werden.
Selbst wenn Sie das Laufwerk behalten, würde ich an dieser Stelle eine Neuformatierung vorschlagen und neu installieren. Das Reparieren eines stark beschädigten Dateisystems ist ein Verlust (Sie können nie sicher sein, dass alles zu 100% in Ordnung ist).