Der Unterschied liegt bei Programmen, die nicht im Kompatibilitätsmodus arbeiten können (alle in Windows enthaltenen Programme - z. B. PowerShell). Für diese Programme können Sie sie nur über die Schaltfläche "Erweitert" auf der Registerkarte "Verknüpfung" auswählen.
Darüber hinaus werden Kompatibilitätseinstellungen auf das ausführbare Programm selbst angewendet. Wenn Sie das Programm als Administrator im Kompatibilitätsmodus auswählen, werden alle Instanzen, unabhängig von der verwendeten Verknüpfung, als Administrator ausgeführt.
Wenn Sie es unter der Registerkarte "Verknüpfungen" einstellen, können Sie die Gradeinstellung feiner steuern.