zcat | head: schreibfehler aus großer gz-datei

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Carmen Sandoval

Ich habe versucht, mit zcat nur die ersten 1M-Zeilen einer komprimierten .gzip-Datei in eine neue zu konvertieren.

Ich erhalte jedoch die folgende Fehlermeldung:

$ zcat path/to/R2.fq.gz | head -100 >R2.fqtest head: write error: Input/output error

Ich war erleichtert, als ich diesen Thread fand und versuchte:

$ gunzip -c path/to/R2.fq.gz | head -n100 >R2_test.fq

Aber ich bekomme wieder den gleichen Fehler!

head: write error: Input/output error

Weiß jemand, was los ist und wie man es reparieren kann?

Vielen Dank! Carmen

Bearbeiten>

Nach Aufforderung habe ich folgende Fehlermeldung eingegeben

tail /var/log/syslog

und bekam 

tail: cannot open `/var/log/syslog' for reading: No such file or directory
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Der Befehl selbst ist korrekt. Gleich nach dem Abrufen des Fehlers führen Sie "tail / var / log / syslog" aus und bearbeiten das Ergebnis in Ihre Frage. Dennis vor 11 Jahren 2
Erledigt! :) Ich habe `tail: kann nicht öffnen / var / log / syslog 'zum Lesen: Keine solche Datei oder Verzeichnis Carmen Sandoval vor 11 Jahren 0
Nun, das war nicht besonders hilfreich ... Welche Linux-Distribution verwenden Sie? Dennis vor 11 Jahren 0
Red Hat Enterprise Linux Server Version 6.3 (Santiago) Carmen Sandoval vor 11 Jahren 0

3 Antworten auf die Frage

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pqnet

Mit zcat / gunzip sieht es nicht nach einem Problem aus. Können Sie die Datei erstellen und hineinschreiben?

Versuche dies:

hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq
`hexdump / dev / urandom | head -n 100> R2_test.fq` Ich bekomme folgendes: `head: write error: Eingabe- / Ausgabefehler` Carmen Sandoval vor 11 Jahren 0
dann können Sie wahrscheinlich nicht in die Datei R2_test.fq schreiben. Probieren Sie es aus einem Verzeichnis aus, in dem Sie Schreibzugriff haben. pqnet vor 11 Jahren 0
pqnet, ich habe Zugriff auf den Ordner, in dem ich die Datei schreiben möchte. Carmen Sandoval vor 11 Jahren 0
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Jim Salter

Um dies zu tun, probieren Sie bitte folgende Ergebnisse aus:

head -n 10 /proc/cpuinfo

echo test | gzip -3 | zcat

echo test > R2.fqtest

Das Ziel hier ist es, zunächst den ordnungsgemäßen Betrieb head, dann den ordnungsgemäßen Betrieb zcatund dann die Fähigkeit zum erfolgreichen Schreiben zu testen R2.fqtest.

Da Sie angeben, dass alles wie erwartet funktioniert, bis zu dem Versuch, in R2.fqtest zu schreiben, der keinen Fehler ausgibt, aber nicht die von Ihnen geschriebenen Daten anzeigt, gibt es etwas Hinky mit dieser Datei oder dem zugrunde liegenden Dateisystem. Kann ein anderer Prozess die Datei schreiben, sperren oder drehen? Wie sieht die fstab-Zeile für das betreffende Dateisystem aus? Können Sie das betreffende Dateisystem aushängen und prüfen? Werden Fehler in den Protokollen des physischen Laufwerks angezeigt, das diesem Dateisystem zugrunde liegt?

Danke, Jim: Die Ausgabe von `head -n 10 / proc / cpuinfo` ist:` Prozessor: 0 Vendor_id: GenuineIntel-CPU-Familie: 6 Modell: 45 Modellname: Intel (R) Xeon (R) CPU E5-2665 0 @ 2,40 GHz Schrittweite: 7 cpu MHz: 1200.000 Cache-Größe: 20480 KB physikalische Id: 0 Geschwister: 16`; `Echotest | gzip -3 | zcat` gibt erwartungsgemäß "test" zurück; und "echo test> R2.fqtest" gibt keinen Fehler zurück, aber wenn ich R2.fqtest öffne, ist nichts da ... Carmen Sandoval vor 10 Jahren 0
(Hinweis - die neue Bearbeitung ist auch ich; ich wusste nicht, dass ich erst angemeldet war, als ich gepostet hatte!) Jim Salter vor 10 Jahren 0
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Carmen Sandoval

Es stellt sich also heraus, dass dies ein Problem ist, wenn nicht genügend Speicherplatz vorhanden ist!

Danke, jeder!

Carmen

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