Eine Möglichkeit ist, xdotool zu verwenden, zB von der Kommandozeile:
xdotool search --name "Old name" set_window --name "New name"
Dadurch werden offene Fenster gesucht, die den Namen "Alter Name" enthalten, und der Name wird in "Neuer Name" geändert. Sie können auch nach Fensterklasse, PID und einer Vielzahl anderer Dinge suchen. Siehe die xdotool-Manpage.
Es gibt wahrscheinlich andere Möglichkeiten, dies automatisch einzustellen, wenn das Programm startet, je nach Programm und ob Qt, GTK oder was verwendet wird.