Ich denke, du vermisst einen Satz in der Konfiguration von Apache mit Mono. Ich empfehle Ihnen dringend, diese Anleitung für Ubuntu zu prüfen. Ich habe es versucht und es funktioniert gut mit Xsp und Apache. Ich teste einige Beispiele und arbeite gut für alles außer WCF (svc). Anscheinend unterstützt das immer noch mit vielen Problemen in Mono 2.10.
http://www.bgsoftfactory.net/run-asp-net-mvc-4-with-mysql-on-linux/
Ich denke, das Problem könnte sein, dass der virtuelle Host nicht aktiv ist. Aber das ist eine einfache Vermutung.