mod_perl ist nicht erforderlich, um Perl-CGI-Skripts in Apache auszuführen. (Aber es kann einige von ihnen beschleunigen.)
Was möglicherweise fehlt, ist aber aufgrund der oben gezeigten unvollständigen Konfiguration nicht klar, ob mod_cgid oder mod_cgi geladen sind. In Apache 2.2 hängt es vom MPM ab, welche der beiden Sie verwenden müssen.
Wenn Sie Debian oder Ubuntu verwenden, genügt das Anrufen a2enmod cgi
oder a2enmod cgid
Plus eines service apache2 restart
bereits, um Ihr Problem zu lösen. Nicht sicher, ob diese Hilfsskripte auch für andere Distributionen verfügbar sind.