Zumindest ist es seltsam.
Beim Verschieben von Windows-Dateien wurden zwar keine Dateien auf dem Server verschoben, sondern nur MFT aktualisiert. Linux muss jedoch die Datei an den neuen Ort kopieren und stattdessen auf dem alten löschen. Das Samba-Projekt verwendet das Reverse-Engineering-CIFS-Protokoll, soweit ich weiß.
Wenn Sie einen Samba-Server unter Linux haben, kann dies nicht das Problem sein.
Können Sie versuchen, die CIFS-Freigabe unter Linux bereitzustellen und zu prüfen, ob das Verschieben von Dateien immer noch viel Zeit in Anspruch nimmt?