Ich habe es gerade selbst ausprobiert, und ich fand die Diskrepanz in der Größe von den Verzeichnisdateien. Da es sich nicht um einen Hardlink handelt, handelt es sich um neue Dateien, die erstellt werden, möglicherweise nicht mit genau denselben Metadaten.
Um dies zu veranschaulichen, führen Sie die folgenden Befehle aus:
ls -alR folderA/ | grep -v '^d' | awk ' END ' ls -alR folderB/ | grep -v '^d' | awk ' END '
Diese Größen sollten identisch sein (Verzeichnisdateien nicht enthalten). Sie können die Auflistungen mit den Verzeichnisgrößen drucken und anhand der Ergebnisse feststellen, welche Verzeichnisse genau unterschiedlich sind.