Ich würde die Verwendung von ext4 für brandneue Installationen in Betracht ziehen, da die Leistungssteigerung ziemlich signifikant ist. Ich glaube, dass ext4 in der nächsten Version (9.10) Standard für Ubuntu ist, aber in der aktuellen Version (9.04) nicht verfügbar ist.
Sie können ein Dateisystem derzeit als ext3 in ext4 konvertieren. Die Leistungssteigerung gilt jedoch möglicherweise nicht für die vorhandenen Daten, da einige der Änderungen der internen Architektur nicht für diese Daten gelten. Alle neuen Daten würden jedoch von Ausmaßen und dergleichen profitieren.
ext4 ist als stabil markiert, daher sollten Releases neuer Kernel Ihr vorhandenes Dateisystem nicht vollständig zerstören, wie dies bei einem instabilen Dateisystem wie btrfs der Fall wäre.
Natürlich würde ich die Dinge sichern, bevor ich mich mit irgendetwas beschäftige, nur für den Fall, dass Sie nie wissen.