Ihr --exclude-dir ist korrekt, es wirkt sich nur auf die Rekursion aus - Sie haben jedoch explizit alle *_it2
Verzeichnisse in der Datei glob angegeben, und das steht vor jeder Rekursion.
Ich schlage vor, find
stattdessen zu verwenden - etwa (ungeprüft)
find . -name 2017060200_it2 -prune -name 'file00*.pjson' -execdir grep -E "PATTERN" {} \;
Bonus: date '+%Y%m%d00_it2'