Die Methode hängt von Ihren PC- und Grafikkarteneinstellungen ab. Bei AMD können Sie beispielsweise verschiedene Auflösungen vom Catalyst Center aus anpassen. Für Ubuntu können Sie Konsolenbefehle verwenden, um auf die nVidia-Einstellungen zuzugreifen. Schauen Sie sich hier einen Forenthread für diese Frage an:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=772883
Für ältere Windows-Versionen gibt es einen Thread, der sich mit der gleichen Frage befasst, die es wert ist, hier herauszufinden:
http://www.cnet.com/forums/discussions/1-monitor-2-desktops-with-different-resolutions-297146/
Sie können auch Software von Drittanbietern verwenden, um die Auflösung wie folgt zu konfigurieren:
http://www.makeuseof.com/tag/finally-get-two-funktional-desktops-mit-aktuell-multiple-monitors/
Und hier ist eine gute Liste von Programmen, mit denen Sie virtuelle Desktops anpassen können: