Ihr \t
wird nicht als Tabulatorzeichen interpretiert. Um dies zu tun, können / sollten Sie eine ANSI-Zeichenfolge verwenden, damit Ihr Befehl verwendet wird
join -t $'\t' f1.txt f2.txt -1 2 -2 1 > f3.txt
mit dem $
vor dem '\t'
so wird es als ein Tab interpretiert, wie Sie möchten.
Eine praktische Ressource für die Quotierung Dinge mit bash
mindestens zur Verfügung steht hier