Persönlich würde ich nicht nach einem neuen Werkzeug suchen, sondern Ihren Workflow in ein Skript einbinden, um die korrekte Reihenfolge durchzusetzen.
Ich gehe davon aus, dass Sie die richtige Reihenfolge identifizieren können, sonst ist dies überhaupt nicht möglich. Im Idealfall müssten die Dateien so benannt werden, dass sie automatisch in die richtige Reihenfolge fallen:
01ChapterTitleOne.pdf 02ChapterTitleTwo.pdf etc.
und so weiter. Möglicherweise haben Sie jedoch die Kapitelnummer am Ende (wie in Michaels Beispiel), was die Sortierung aufhebt. In diesem Fall sollten Sie Ihrem Workflow-Skript einen Schritt hinzufügen, in dem die Dateien umbenannt werden, damit sie in die richtige Reihenfolge gebracht werden.
Solange die Dateien konsistent benannt werden, sollte dies kein Problem sein. Wenn Sie weitere Informationen zur Benennung freigeben können, bin ich mir sicher, dass wir dazu ein BASH-Skript erstellen können.
Wenn Sie alles richtig benannt haben, sollten Sie denselben Befehl verwenden können, mit dem Sie als zweiten Schritt des Workflow-Skripts begonnen haben. Wenn dies nicht funktioniert hat, benötigen Sie ein etwas komplexeres BASH-Skript, das die Dateien in der richtigen Reihenfolge durchläuft.
All dies ist Standard für das BASH-Scripting, es dreht sich jedoch alles um die konsistente Benennung der Dateien.