Auf den meisten Systemen, einschließlich Linux, stellt ntpd die Uhr nicht ein, es sei denn, die Uhr ist sehr schlecht. Stattdessen ändert sich die Länge einer Sekunde, sodass die Uhr langsam mit dem Master synchronisiert wird.
Das nennt man Zeitverzerrung und ist vorteilhaft, weil es normalerweise besser ist, wenn eine Sekunde etwas falsch ist, als wenn Sekunden verpasst werden oder, was noch schlimmer ist, erneuert wird.