Dies liegt wahrscheinlich an "gefälschter Transparenz", bei der der Begriff lediglich eine Momentaufnahme des darunter liegenden Objekts erstellt und als Hintergrund verwendet.
Sie können urxvt aka rxvt-unicode (aterms ausgewählter Nachfolger ) ausprobieren, der Fälschung und echte Transparenz unterstützt. Ich glaube, echte Transparenz braucht auch einen Kompostierungsmanager wie Xcompmgr, Cairo-compmgr oder Unagi (oder die Compiz-WM, aber ich bezweifle, dass Sie Xmonad nur deshalb verlassen wollen).