Nicht wirklich eine Antwort auf Ihre Frage, aber NTFSInfo kann Ihnen zumindest sagen, in welchen Clustern sich die MFT befindet:
Vielleicht ist das ein Anfang. Aber selbst wenn Sie die MFT extrahieren, fällt es mir schwer, eine Idee zu entwickeln, wie Sie sie später nutzen können. Ich stimme mit jdh überein, dass ein vollständiges Backup höchstwahrscheinlich die beste Lösung ist, da dies die Wiederherstellung nach einem Fehler erheblich vereinfacht.