rmlint ist linux-native, sehr schnell und bietet Ihnen viele Optionen, um zu entscheiden, welche Datei (aus jedem Duplikatsatz) das "Original" ist. Es verwendet standardmäßig die SHA1-Prüfsumme (160 Bit), kann aber auch einen byteweisen Vergleich durchführen.
Leider ist dies nicht in den Ubuntu / Debian-Repositorys enthalten, aber die Installation ist relativ einfach (siehe Anweisungen hier ).