Lastdurchschnittswert zeigt nicht genau an, wie viel die Anwendungen die CPU verwenden.
Die CPU kann auf die Festplatte warten, sie kann Zeit für Kernel-bezogene Aufgaben aufwenden oder durch eine Aktion, wie z. B. ein Tastendruck, ernsthaft unterbrochen werden oder der Hypervisor auf einer VM hat einige Zeit gestohlen.
Vielleicht oben auf wäre ein besseres Werkzeug als htop Ihr System zu überwachen.