In der Zwischenzeit habe ich herausgefunden, was das Problem war, und dachte, ich würde hier eine Antwort hinterlassen, falls es jemandem in der Zukunft hilft (unbeantwortete Fragen werden schließlich gelöscht, denke ich). Das Problem hatte tatsächlich mit dem Programm zu tun, das ich heruntergeladen hatte - BLAST +. Wenn Sie die Linux-Version von BLAST + auf einem Cygwin-Emulator ausführen möchten, müssen Sie zusätzliche Software installieren.
Stattdessen habe ich herausgefunden, dass BLAST + eine Windows-Version hat. Ich habe diese (.exe-Datei) heruntergeladen und jetzt laufen die BLAST-Funktionen von der Windows-Befehlszeile aus einwandfrei.