certbot-auto verwendet eine eigene installierte virtuelle Umgebung, einschließlich eines eigenen Python-Builds. Dies wurde (natürlich) im dist-Upgrade auf Jessie nicht aktualisiert. certbot-Auto nicht erkennen, dass es sich um eine Wiederherstellung erforderlich ist, zu denken, dass alle Abhängigkeiten zufriedenstellend wurden bereits installiert.
Die Lösung war also:
rm -rf /opt/eff.org /usr/local/bin/certbot-auto
die dann alles heruntergeladen und neu aufgebaut hat.