Ich habe eine Lösung gefunden. Anstatt die Metadaten zu bearbeiten, kodierte ich die Dateien mit ffmpeg neu, sodass der Video- und Audioinhalt einfach kopiert und in einen neuen, fehlerfreien MP4-Container verpackt wurde. Hier ist der Befehl:
ffmpeg -i video_1.mp4 -vcodec copy -acodec copy video_1_fixed.mp4