Einige Fenstermanager haben Probleme mit dem Ändern der Bildschirmauflösung. Dies kann in einigen Fällen dazu führen, dass Fenster vom Bildschirm gezeichnet werden: Remote X ist einer davon, das Entfernen eines Monitors ist ein anderer.
Durch Maximieren eines Fensters (oder Bewegen des Fensters in den sichtbaren Bereich) können Sie es meist dauerhaft fixieren.
BTW: Es hat nichts mit Mono zu tun.