Es steht für Kommunikation, glaube ich - da parallele Ports lpt (oder Line Printer Ports) und serielle Ports für die Kommunikation verwendet wurden.
Interessanterweise habe ich bisher keinen Hinweis gefunden, der dies bestätigt - dies ist der nächste, den ich einem Hinweis entnehmen kann, aber er scheint in Windows und DOS selbstverständlich zu sein. Es gibt kein Akronym für COM, soweit ich das beurteilen kann
(Interessanterweise werden sie in Linux tty genannt - was sich auf ein Fernschreibgerät bezieht.)