Ja.
Bitlocker ist eine Verschlüsselung des gesamten Laufwerks (Partition), es hat einen eigenen Bootloader von Anfang bis Ende. Es ist die einfachste Lösung für die Verschlüsselung.
Möglicherweise haben Sie sogar ein Problem beim Booten in Ubuntu, wenn Ihre Maschine über einen TPM-Chip verfügt, da Bitlocker die Integrität prüfen kann.
Am besten verwenden Sie eine Partition, die nur zum Verschieben von Dateien zwischen den beiden Systemen verwendet wird.
Sie können auch einen Blick auf die Verwendung von Truecrypt werfen, da dies sehr leicht erreichen kann, was Sie möchten. Wenn Sie eine Microsoft-Lösung wünschen, bietet Microsoft alternativ eine Option namens EFS (Encrypting File System) an, die sehr gut funktioniert und das tun kann, was Sie möchten, wenn sie nicht etwas kompliziert zu lernen ist.
AFAIK, EFS kann nicht von NTFS-kompatiblen Treibern / Apps in Linux gelesen werden, wo Truecrypt in einer plattformübergreifenden Umgebung kein Problem haben sollte. Sie könnten also sogar alles verschlüsseln und es dennoch in Ubuntu öffnen.