Es stellt sich heraus, dass f.lux die unmittelbare Ursache war, obwohl es auf keinem anderen System für mich ein Problem darstellt.
Durch das Umschalten von f.lux in den abgesicherten Modus wurde das Flimmern behoben, obwohl die eigentliche Hauptursache anscheinend etwas ist, bei dem jede App auf dem Desktop aufgefordert wird, neu zu zeichnen, wenn sie eine Benachrichtigung über eine Farbprofiländerung erhält.