Da die ausführbare Datei selbst keine UWP-App zu sein scheint, können Sie sie mit folgenden Argumenten starten:
%ProgramFiles%\WindowsApps\dotPDNLLC.paint.net_4.21.6589.0_x64__h55e3w7q8jbva\PaintDotNet.exe %1
Die Position der App kann durch Eingabe in PowerShell ermittelt werden:
(get-appxpackage dotPDNLLC.paint.net).InstallLocation
Hinweis: Möglicherweise müssen Sie den WindowsApps- Ordner verwenden. Lesen Sie in dieser Antwort nach, wie es gemacht wird.