Hoffnungen haben nichts mit (realistischen) Erwartungen zu tun.
Der Header ist genau derselbe, könnte also niemals einen Unterschied machen.
Auch die Excel-Darstellung ist nicht die CSV-Datei. Sie sollten die Originaldateien als Text veröffentlichen.
Die folgende Batch-Datei liest den Header ein und erinnert an den Diff.
Anstelle von fc wird findstr mit Optionen verwendet
/B compare from line begin /E compare upto line end /V output lines **not** present in compared file /G: get strings from a file
@Echo off Set "File1=June_01_2018.csv" Set "File2=June_02_2018.csv" Set "File3=June_Diff.csv" Set /P "Header="<"%File1%" ( Echo=%Header% Findstr.exe /BEV /G:"%File2%" "%File1%" )>"%File3%"
Variante mit fc
@Echo off Set "File1=June_01_2018.csv" Set "File2=June_02_2018.csv" Set "File3=June_Diff.csv" Set /P "Header="<"%File1%" ( Echo=%Header% fc "%File1%" "%File2%"|more +3 )>"%File3%"
Das hinterlässt nur die nachlaufende Linie.