Markieren Sie in den Plugin-Optionen für NppExec das Menüelement, Follow $(CURRENT_DIRECTORY)
damit die Skripts aus Ihrem aktuellen Arbeitsverzeichnis ausgeführt werden.
Speichern und führen Sie dann dieses Skript aus, damit der Git Bash in einem neuen Befehlszeilenfenster geöffnet wird.
cmd /c start "Git Bash" "C:\Progra~2\Git\bin\sh.exe" --login -i