Das geht nicht, weil das GNOME-Terminal so funktioniert. Es ist immer noch eine Anwendung mit vielen Fenstern. (Dies ähnelt dem Öffnen mehrerer Webseiten in verschiedenen Fenstern in Firefox.)
Ihr UX-Problem wird teilweise durch die Shell-Erweiterung " Alternate Tab" behoben - obwohl auch ohne die Tabulatortaste in der Übersicht nicht zwischen gruppierten Anwendungen, sondern zwischen allen Fenstern gewechselt wird.
(FWIW: Ich bin mir nicht sicher, woher rxvt-unicode
man kommt, aber wenn du rennst, strings /usr/bin/urxvt|grep rxvt-unicode
erscheint es dort.)