Nach vielem Suchen habe ich die beste Antwort gefunden, die ich glaube. Sie müssen die MP4Box-Befehlszeilenschnittstelle verwenden, um Ihre MP4-Datei zu muxen:
mp4box -new -add original_video.mp4 -add extra_track.m4a:disable output_file.mp4
Diese Deaktivierungsoption bewirkt, dass Quicktime diesen Titel ignoriert und nur den Haupt-Track spielt. Quicktime kann keine Audiospuren auswählen, da dies eine schreckliche Software ist. Das ist das Beste, was Sie tun können.
Bei WMP können Sie die Audiospuren wechseln, indem Sie in den Vollbildmodus wechseln und dann mit der rechten Maustaste auf das Video klicken. Es ist nur so, dass es standardmäßig die falsche Spur wählt und man damit leben muss. Es ist ein Fehler in WMP.