Es stellt sich heraus, dass Wine nicht wirklich auf die Zuordnungen der Betriebssysteme achtet (Systemeinstellungen verwendet), sondern Xkb betrachtet. Es macht irgendwie Sinn, dass ich zuerst gar nicht daran gedacht habe.
Ich kann es jedoch zu einem US-Mapping zwingen, was mein Problem ein wenig lösen wird, aber dann kann ich kein SE-Layout verwenden. Ich fand heraus, dass ich mehrere Layouts als solche verwenden kann:
setxkbmap -layout "us,se"
Was für mich funktionierte, jetzt kann ich die Layouts auch in Monodevelop nutzen.