Klingt, als würden Sie die Funktionen Inset Citation, Manage Sources und Bibliography verwenden, die in der Regel gut funktionieren.
In Word 2003 sind meine APA-formatierten Bibliographien alphabetisch. Wenn Sie IEEE 2006 auswählen, werden sie nach ihrer Position im Dokument nummeriert.
Ein benutzerdefinierter Stil kann zu unerwartetem Verhalten führen, wie Sie es sehen. Auf der anderen Seite könnte das Problem durch das Herunterladen neuer benutzerdefinierter Stile behoben werden.
Oder verwenden Sie jetzt einen Nicht-IEEE-Stil und haben alphabetische Verweise.