Da Sie nur wenige hundert Dateien haben, schlage ich vor, dass Sie eine binäre Suche verwenden, um herauszufinden, wo sich die fehlerhaften Dateien befinden.
Sie beginnen mit der Komprimierung der Hälfte der Dateien. Wenn eine fehlerhafte Datei gemeldet wird, versuchen Sie, die Hälfte dieses Satzes zu komprimieren. Und so weiter, bis Sie die fehlerhaften Dateien gefunden haben.
Dann gehen Sie zurück und machen den gleichen Vorgang in der zweiten Hälfte der Dateien.
Während dies ein bisschen mühsam ist, werden die fehlerhaften Dateien auf jeden Fall lokalisiert.