Ich denke, der beste Ausweg besteht darin, das Betriebssystem mit der Windows-CD zu reparieren (auch wenn dies die Option ist, die Sie vermeiden möchten). Laden Sie den neuesten SP (für Vista SP2) herunter, und wenden Sie den Rest an.
Das Problem ist, dass, wie Sie sagten, die Dateiquellen unterschiedlich sind (wie RTM-Betriebssystem, SPs, Auto-Updates, Hotfixes). Es wäre also zu langweilig, die richtige, unverfälschte, legitime Version zu finden.