Um genaue Daten zu gewährleisten, benötigen Sie ein Echtzeitbetriebssystem . Linux ist standardmäßig nicht besser als Windows, aber Linux kann mit einem echtzeitfähigen Kernel (IIRC) konfiguriert werden.
Für Details, wie man ein solches Programm schreibt, schlage ich vor, auf stackoverflow.com nachzufragen.
In der Praxis erhalten Sie jetzt auch unter Windows relativ genaue Ergebnisse. Die Prozessplanung beeinflusst die Ergebnisse nur sehr wenig. Die meisten Antivirensoftware wird im Benutzerraum ausgeführt, was bedeutet, dass sie mit Ihrer Anwendung identisch sind. Ihre beste Wette ist zu versuchen und zu sehen.