Dies liegt daran, dass PowerShell die Ausgabe standardmäßig als Zeichenfolgen sieht. Zeichenfolgen in .NET sind Unicode, also die Standardausgabe von PowerShell.
Ich gehe davon aus, dass Sie PowerShell verwenden, um die Ausgabe in eine Datei zu schreiben. Wenn ja, dann wird das Problem mit "Set-Content -Encoding Byte" behoben.
Measure-Command {& "c:\myscript.pl" | Set-Content "C:\myoutput.bin" -Encoding Byte}