Zunächst einmal ist das Migrieren Ihres Programmdateienordners auf die Festplatte eine wirklich schlechte Idee, da Sie die massive Rolle der Windows-Registrierung bei der Installation von Programmen nicht berücksichtigt haben. Die "Verschiebung" einer Softwareinstallation an einen anderen Speicherort ist normalerweise sehr aufwendig, da wahrscheinlich Tausende von Registrierungseinträgen auf den aktuellen Speicherort des Programms auf der SSD verweisen.
Meine Empfehlung wäre, entweder eine größere SSD zu kaufen, Ihr Windows-Laufwerk darauf zu klonen und Ihre Programme dort zu lassen, oder Ihre Programme zu deinstallieren und sie sauber auf der Festplatte zu installieren.
Meine Einrichtung zu Hause ähnelt Ihrer, aber ich habe auf meiner Festplatte einen Ordner mit dem Namen "Software Install", in dem ich alle meine Programme und nicht die SSD installiere. Ich installiere nur die Programme, bei denen die Leistung für meine SSD entscheidend ist.