Ich hasse es, meine eigene Frage zu beantworten, aber das Problem ist gelöst. Ich habe keine Ahnung, was das Problem verursacht oder gelöst hat, als dass man das sagt:
dnf upgrade hat den Kernel 4.2.6 installiert, die gnome-extensions-Pakete aktualisiert und tigervnc nicht aktualisiert.
Ich startete neu und der vncserver startete ohne Fehler.
Für dieses spezielle Problem besteht die Lösung darin, die Pakete auf den neuesten Stand zu bringen.