Zunächst haben Sie wahrscheinlich NTFS-3G verwendet, das im Benutzerraum und nicht im Kernel implementiert ist. Das bedeutet allein, dass Sie bei der Verwendung von NTFS mindestens doppelt so viele Kontextwechsel vorgenommen haben wie bei der Verwendung von ext4.
Darüber hinaus kann ich nicht wirklich viel zu dem Thema sagen. Abgesehen davon, dass NTFS aufgrund meines eigenen Tests scheinbar keine spärlichen Dateien auf LInux verarbeitet, entweder mit NTFS-3G oder mit dem Kernel nativer Treiber (den fast niemand verwendet, da NTFS-3G insgesamt viel bessere Unterstützung bietet).