Audio mit PulseAudio ist in Version 9.04 standardmäßig sehr fehlerhaft. Es ist in 9.10 verbessert worden, aber es gibt immer noch Probleme.
Sie können versuchen, das Problem anhand der folgenden Empfehlungen zu lösen: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=843012 .
Außerdem ist Kubuntu eine Überlegung wert, die PulseAudio standardmäßig nicht verwendet (dies gilt für die neuesten Kubuntu-Versionen).