Ja das ist möglich. Ich habe es gerade in MS Word 2003 getestet, indem ich verschiedene H1-, H2- und H3-Überschriften erstellt habe. Auf der ersten Seite habe ich das komplette Inhaltsverzeichnis eingefügt, unter (oder auf der zweiten Seite mit einem Seitenumbruch [Strg-Eingabetaste]) habe ich ein anderes Inhaltsverzeichnis eingefügt, das nur H1-Überschriften enthält, und dies funktioniert ordnungsgemäß.
Bitte probieren Sie es in einem anderen Dokument.