Das Problem war ein Schrägstrich gegen einen Backslash. Die Lösung besteht also darin, einen anderen Pfad für Windows und Linux zu verwenden:
ifdef SYSTEMROOT UGLIFY=.\node_modules\.bin\uglifyjs JSONLINT=.\node_modules\.bin\jsonlint JEST=.\node_modules\.bin\jest CSSNANO=.\node_modules\.bin\cssnano ESLINT=.\node_modules\.bin\eslint else UGLIFY=./node_modules/.bin/uglifyjs JSONLINT=./node_modules/.bin/jsonlint JEST=./node_modules/.bin/jest CSSNANO=./node_modules/.bin/cssnano ESLINT=./node_modules/.bin/eslint endif