Danke an @DavidPostill für die richtige Richtung.
Ich habe eine Batch-Datei wie vorgeschlagen erstellt und dabei die folgende Frage zu Stackoverflow als Grundlage verwendet: https://stackoverflow.com/questions/162291/how-to-check-if-a-process-isrunning-via-a- Batch-Skript
Folgendes habe ich mir ausgedacht:
SETLOCAL EnableExtensions set EXE=MyProgram.exe FOR /F %%x IN ('tasklist /NH /FI "IMAGENAME eq %EXE%"') DO IF %%x == %EXE% goto FOUND start C:/path/to/MyProgram.exe :FOUND
Ich habe dann den Registrierungseintrag so geändert, dass er auf diese Batchdatei und nicht auf die ausführbare Datei verweist.