In diesem Fall müssen Sie alle benötigten Streams ausdrücklich abbilden, da bei der automatischen Zuordnung nur ein Audiostream erfasst wird. So,
ffmpeg -f dshow -i audio="Stereo Mix (Realtek High Definition Audio)" -f dshow -i audio="Microphone Array (Creative VF0800)" -f gdigrab -framerate 10 -video_size 1920x1080 -draw_mouse 1 -i desktop -map 2 -map 0 -map 1 screen.avi