Es scheint, als würden Ihre Clients Round-Robin zwischen zwei DNS-Servern durchführen, von denen einer lokal und einer remote ist und die lokalen Namen nicht hinzugefügt werden.
Im Idealfall würden Ihre Clients den ersten (lokalen Server) abfragen, und bei einem Timeout danach den zweiten abfragen. Was jedoch wahrscheinlich passiert, ist, dass beide nacheinander abgefragt werden und derjenige, der schneller reagiert, verwendet wird.