Solange Ihr System so konfiguriert ist, dass es von Ihrer SSD bootet, sollte es Ihnen gut gehen.
In unserer Domäne machen wir das ständig: Wenn wir ein Betriebssystem ersetzen oder aktualisieren, verschieben wir die alte Festplatte auf einen sekundären SATA-Anschluss im Desktop. Innerhalb des neuen Betriebssystemlaufwerks erstellen wir auf dem öffentlichen Desktop eine Verknüpfung, die auf den Ordner Benutzer auf der alten Festplatte verweist, sodass die Endbenutzer problemlos auf ihre gesammelten persönlichen Dateien und Ordner zugreifen können.
Die Quintessenz ist, dass es kein Problem sein sollte.