Ja, das ärgert mich auch.
In meinem Fall mit xfce geschieht, dass sich Nautilus automatisch beim Session Manager registriert und den Session Manager anweist, Nautilus nach dem Beenden neu zu starten. Sie können dies verhindern, indem Sie die folgende undokumentierte Befehlszeilenoption verwenden:
nautilus --sm-disable
(Es gibt keinen ~ / .config / autostart-Eintrag.)
Ich habe jedoch immer noch nicht gefunden, wie man es wie eine normale Anwendung verhält und beendet, wenn das letzte Fenster geschlossen wird.
Außerdem können Sie verhindern, dass Nautilus den Desktop verwaltet, indem Sie den Registrierungsschlüssel / apps / nautilus / preferences / show_desktop ändern.