Das Problem war, dass die ausführbare Datei mit einem "A" in Großbuchstaben geschrieben wird. Nicht "Kleinbuchstaben" wie im Handbuch. Also funktionierte dieser Befehl:
$ /Applications/Atom.app/Contents/MacOS/Atom --safe
Bearbeiten: Ich habe gerade entdeckt, dass durch die Auswahl von "Atom"> "Shell-Befehle installieren" im Menü die für die atom
Befehlszeilenanwendung erforderlichen Symlinks erstellt werden .