Schreibe einen Patch. Und tatsächlich kann Evolution sowieso nicht in den Benachrichtigungsbereich gehen (es ist kein Tray in GNOME). Es gibt keine Option, um mit iconify zu beginnen.
Aber ja, der einzige Weg, sie dazu zu bringen, Empathys gebrochenes Nahverhalten nachzuahmen, besteht darin, einen Patch zu schreiben.